Ngoài mối liên hệ chặt chẽ với Viện Quy hoạch và Quản lý Giao thông Vận tải – Trường đại học Giao thông Vận tải, ISES còn có mối quan hệ hợp tác, liên kết chặt chẽ với nhiều tổ chức nghiên cứu và đào tạo uy tín trong nước và quốc tế, cụ thể là:
Các tổ chức nghiên cứu và đào tạo trong nước:
- Trung tâm đào tạo quốc tế (INED) – Trường đại học GTVT
- Trường đại học Bách khoa Hà Nội
- Trường đại học Xây dựng Hà Nội
- Trường đại học Kinh tế quốc dân
- Trường đại học Quốc gia Hà Nội
- Trường đại học Hà Nội
- Trường đại học Bách khoa thành phố Hồ Chí Minh
- Trường đại học Kinh tế thành phố Hồ Chí Minh
- Viện nghiên cứu phát triển xã hội (ISDS)
- Viện Kinh tế – Bộ Xây dựng
- Viện Khoa học công nghệ – Bộ Xây dựng
Các tổ chức nghiên cứu và đào tạo quốc tế:
- Viện công nghệ châu Á (Asian Institute of Technology – AIT) – Thái Lan
- Trường đại học Thamasat (Thammasat University) – Thái Lan
- Trường đại học Hàn Quốc (Korea University)
- Trường đại học Tây Nam (Southwest University) – Trung Quốc
- Trường Quản trị kinh doanh – Đại học Nihon (Nihon University) – Nhật Bản
- Trường Quản trị kinh doanh – Đại học New South Wales (The University of New South Wales) – Úc
- Trường Quản trị kinh doanh, Đại học Tổng hợp Tel Aviv (Tel Aviv University) – Isarel
- Trường đại học Khoa học ứng dung Biberach (University of Applied Sciences Biberach) – Đức
- Trường đại học kỹ thuật Damstadt (Technical University of Darmstadt – Đức
- Trường Quản lý Oslo (Oslo School of Management) – Na Uy
- Trường đại học Sheffield Hallam (Sheffield Hallam University) – Vương quốc Anh
- Trường đại học Leeds (University of Leeds) – Vương quốc Anh
Khách hàng truyền thống:
- Cục đường bộ Việt Nam
- Cục đường sắt Việt Nam
- Ban quản lý dự án cụm Khí Điện Đạm – Cà Mau
- Liên doanh Việt – Nga Vietsovpetro
- Trường cao đẳng nghề dầu khí (PVMTC)
- Ban quản lý dự án điện lực dầu khí Long Phú – Sông Hậu
- Ban dự án nhiệt điện Long Phú
- Công ty cổ phần xi măng VICEM Hoàng Mai
- Tổng công ty vận tải Hà Nội (TRANSERCO)
- Trung tâm điều hành Vận tải hành khách thành phố Hồ Chí Minh
- Trung tâm điều hành Giao thông đô thị Hà Nội
- Sở Giao thông vận tải Hà Nội
- Sở Giao thông vận tải thành phố Hồ Chí Minh
- Sở Giao thông vận tải các tỉnh, thành phố khác như: thành phố Đà Nẵng, Hà Nam, Ninh Bình, Thanh Hóa, Đồng Nai, Bà Rịa – Vũng Tàu, Long An.